Le attività di ricerca di Facoltà e di Ateneo dell'Università Telematica Internazionale UNINETTUNO sono sviluppate anche attraverso apposite convenzioni e accordi con laboratori di ricerca di Università tradizionali nazionali e internazionali, con Centri di Ricerca pubblici e privati, con laboratori industriali nazionali ed internazionali.

In particolare, l'Università Telematica Internazionale UNINETTUNO ha stipulato convenzioni per attività di ricerca con:

Enti di ricerca

• Consiglio Nazionale delle Ricerche (CNR) - Oggetto: Partnership su attività di ricerca, sviluppo tecnologico, servizi di supporto alla ricerca, attività didattica e formazione; utilizzo dei sistemi bibliotecari e documentali; Corsi di Dottorato;
• Istituto di scienze della Tecnologia e della Cognizione del Centro Nazionale Ricerche
• Scuola Superiore della Pubblica Amministrazione Locale (SSPAL) e l’Osservatorio sui Processi di Governo e sul Federalismo
• ENEA - Agenzia nazionale per le nuove tecnologie, l'energia e lo sviluppo economico sostenibile
• Institut des Sciences de la Comunication du CNRS (Centre national de la recherche scientifique – Francia)
• Convenzione per la ricerca tra l’Università Telematica Internazionale UNINETTUNO e la "JEM-EUSO International Collaboration" (2012)
• Convenzione per la ricerca tra l’Università Telematica Internazionale UNINETTUNO e la “Space Weather Collaboration” (2011)

Università 

• Politecnico di Torino
• OUHK – The Open University of Hong Kong
• Atheneum - Liberal Studies - Grecia
• The Egyptian E-Learning University (EELU), Il Cairo
• Université Virtuelle de Tunis
• St. Andrew's Theological College and Seminary
• Université de Tunis El Manar
• Moscow State University of Economics, Statistics and Informatics (Mesi) e con  l’European Open Institute (Eoi)
• Helwan University
• Cairo University e Helwan University.
• Yarmouk University e Jordan University of Science and Tecnology

Enti e associazioni internazionali

• MANIAL (EGYPT)
• Anna Lindh Foundation
• ELIG - European Learning Industry Group
• EADTU (European Association of Distance Teaching Universities)
• ICDE - International Council for Open and Distance Education
• E.P.U.F. - Euromed Permanent University Forum